Guia completo sobre faturação eletrónica para psicólogos em Portugal: e-Fatura, ATCUD, isenção de IVA, séries de faturação e como automatizar todo o processo.

Faturação Eletrónica para Psicólogos: e-Fatura e ATCUD

A faturação eletrónica em Portugal tem vindo a tornar-se cada vez mais exigente e regulamentada. Para psicólogos em prática privada, compreender as obrigações fiscais — desde o ATCUD até à comunicação de faturas via e-Fatura — é essencial para evitar coimas e manter a prática dentro da legalidade. Este guia aborda de forma detalhada todos os aspetos da faturação eletrónica relevantes para profissionais de psicologia em Portugal.

1. Obrigatoriedade da Faturação Eletrónica em Portugal

A legislação portuguesa tem vindo a reforçar progressivamente as obrigações de faturação eletrónica. O enquadramento legal assenta em vários diplomas fundamentais:

Legislação Aplicável

Decreto-Lei n.º 28/2019, de 15 de fevereiro: Estabelece as regras de faturação eletrónica, incluindo a obrigatoriedade de utilização de programas de faturação certificados pela Autoridade Tributária e Aduaneira (AT).
Código do IVA (CIVA): Define as obrigações de emissão de faturas e os regimes de isenção.
Portaria n.º 363/2010: Regulamenta os requisitos técnicos dos programas informáticos de faturação.
Lei n.º 119/2019: Introduziu o ATCUD como elemento obrigatório nas faturas.

Quem Está Obrigado?

Todos os sujeitos passivos de IVA que exerçam atividade económica em Portugal estão obrigados a emitir faturas. Isto inclui psicólogos em regime de trabalhador independente (recibos verdes) ou que operem através de sociedade unipessoal.

Desde 1 de janeiro de 2024, a utilização de software de faturação certificado pela AT é obrigatória para todos os sujeitos passivos com volume de negócios superior a zero euros no ano anterior — ou seja, praticamente todos os profissionais em atividade. A exceção aplica-se apenas a quem não tenha emitido qualquer fatura no ano anterior e não esteja obrigado a possuir contabilidade organizada.

Prazos de Emissão

As faturas devem ser emitidas:

No momento da prestação do serviço ou, no máximo, até ao 5.º dia útil seguinte.
Para psicólogos, isto significa que a fatura de cada sessão deve ser emitida no próprio dia ou nos dias imediatamente seguintes.

Exemplo prático: Se realizar uma sessão de psicoterapia na segunda-feira, dia 3, a fatura deve ser emitida até sexta-feira, dia 7 (considerando que não há feriados).

2. O Que é o ATCUD e Porque é Obrigatório

O ATCUD (Código Único de Documento) é um código alfanumérico único que deve constar em todas as faturas e documentos fiscalmente relevantes emitidos por sujeitos passivos em Portugal.

Como Funciona

O ATCUD é composto por duas partes:

Código de validação da série: Atribuído pela AT quando se regista uma série de faturação.
Número sequencial do documento: Gerado automaticamente pelo software de faturação.

O formato é: ATCUD:XXXXXXXX-NNNNN, onde XXXXXXXX é o código de validação da série e NNNNN é o número sequencial.

Exemplo: ATCUD:A4B5C6D7-00001 numa primeira fatura da série.

Obrigatoriedade

O ATCUD tornou-se obrigatório a partir de 1 de janeiro de 2024 para todos os documentos fiscalmente relevantes, incluindo:

Faturas e faturas simplificadas.
Faturas-recibo.
Notas de crédito e notas de débito.
Recibos.

Como Obter o ATCUD

Para gerar o ATCUD, é necessário:

Registar uma ou mais séries de faturação no Portal das Finanças (ou via webservice da AT).
Obter o código de validação para cada série.
O software de faturação certificado gera automaticamente o ATCUD em cada documento.

Atenção: O ATCUD deve ser apresentado tanto em formato legível como em código QR na fatura. O código QR contém informação fiscal que permite à AT validar o documento.

Penalizações

A não inclusão do ATCUD nas faturas constitui uma contraordenação fiscal, sujeita a coimas que podem variar entre 375 e 18.750 euros, nos termos do Regime Geral das Infrações Tributárias (RGIT).

3. O Que é a e-Fatura e Como Funciona

A e-Fatura é o sistema da Autoridade Tributária que permite aos contribuintes consultar e verificar as faturas emitidas em seu nome, classificá-las por categoria de despesa e beneficiar de deduções fiscais no IRS.

Para o Psicólogo (Emitente)

Como profissional que emite faturas, a e-Fatura implica:

Comunicação de faturas à AT: Todas as faturas emitidas devem ser comunicadas à AT até ao dia 5 do mês seguinte ao da emissão. Esta comunicação pode ser feita via:
- Ficheiro SAF-T (PT): Exportado pelo software de faturação e submetido no Portal das Finanças.
- Webservice: Comunicação automática em tempo real (a forma mais eficiente).
- Inserção manual: Apenas para quem emite poucas faturas e não utiliza software certificado (cada vez mais raro).
Ficheiro SAF-T mensal: Além da comunicação de faturas, é obrigatório submeter o ficheiro SAF-T (Standard Audit File for Tax Purposes) de faturação mensalmente.

Para o Paciente (Adquirente)

As faturas de psicologia aparecem automaticamente na área pessoal da e-Fatura do paciente, na categoria de Saúde. Isto permite ao paciente:

Deduzir as despesas de saúde no IRS (15% das despesas de saúde, com limite de 1.000 euros).
Verificar se todas as faturas foram corretamente comunicadas.

Categorização Automática

Quando o psicólogo está registado com o CAE correto (86906 — Outras atividades de saúde humana, n.e.) e emite faturas isentas de IVA ao abrigo do artigo 9.º do CIVA, as faturas são automaticamente classificadas como despesa de saúde na e-Fatura do paciente.

Dica importante: Certifique-se de que o seu CAE principal está corretamente registado nas Finanças. Se tiver múltiplos CAE (por exemplo, um para psicologia clínica e outro para formação), as faturas de atividades secundárias podem necessitar de classificação manual pelo paciente.

4. IVA na Psicologia: Isenção ao Abrigo do Artigo 9.º do CIVA

Um dos aspetos mais relevantes — e frequentemente mal compreendidos — da faturação para psicólogos é o regime de IVA.

A Isenção

O artigo 9.º, n.º 1, alínea 1) do Código do IVA (CIVA) isenta de IVA as prestações de serviços efetuadas no exercício das profissões de médico, odontologista, parteiro, enfermeiro e outras profissões paramédicas. A psicologia clínica está abrangida por esta isenção, desde que:

O profissional esteja inscrito na Ordem dos Psicólogos Portugueses (OPP).
Os serviços prestados sejam atos de psicologia clínica (terapia, avaliação psicológica, consultas de acompanhamento).

O Que Está Isento

Sessões de psicoterapia individual, de casal ou de grupo.
Avaliação psicológica clínica.
Consultas de follow-up e acompanhamento psicológico.
Relatórios clínicos emitidos no contexto de acompanhamento terapêutico.

O Que NÃO Está Isento (Sujeito a IVA a 23%)

Formações e workshops (mesmo que sobre temas de psicologia).
Consultoria organizacional e recursos humanos.
Palestras e conferências remuneradas.
Supervisão clínica (quando prestada como serviço autónomo, a situação pode variar — consulte o seu contabilista).
Coaching (não é considerado ato de saúde).

Menção na Fatura

Nas faturas isentas de IVA, deve constar obrigatoriamente a menção legal da isenção:

"IVA — Isento ao abrigo do artigo 9.º, n.º 1, alínea 1), do CIVA"

Exemplo de fatura:

Campo	Valor
Emitente	Dr.ª Maria Silva, Psicóloga Clínica, OPP n.º 12345
NIF Emitente	234 567 890
Adquirente	João Santos
NIF Adquirente	210 987 654
Descrição	Sessão de psicoterapia individual (50 min)
Valor	65,00 €
IVA	Isento — Art. 9.º, n.º 1, al. 1), CIVA
Total	65,00 €
ATCUD	ATCUD:A1B2C3D4-00042
Data	2026-02-19

Regime de IVA: Enquadramento

Os psicólogos que prestem exclusivamente atos clínicos isentos ficam enquadrados no regime de isenção do artigo 9.º. Isto significa que:

Não liquidam IVA nas faturas.
Não podem deduzir o IVA suportado nas despesas profissionais.
Não entregam declaração periódica de IVA.

Se, adicionalmente, prestarem serviços sujeitos a IVA (formação, consultoria), podem ter de se registar no regime normal de IVA para essas atividades, mantendo a isenção para os atos clínicos. Esta situação requer acompanhamento contabilístico cuidadoso.

5. Recibos Verdes vs. Software de Faturação Certificado

Esta é uma das dúvidas mais comuns entre psicólogos que iniciam a prática privada.

Recibos Verdes (Portal das Finanças)

Os recibos verdes eletrónicos emitidos diretamente no Portal das Finanças são uma opção gratuita para faturação. Permitem emitir faturas-recibo e são adequados para profissionais com baixo volume de faturação.

Vantagens:

Gratuitos.
Comunicação automática à AT.
ATCUD gerado automaticamente.
Adequados para quem emite poucas faturas.

Desvantagens:

Processo manual: cada fatura tem de ser emitida individualmente no portal.
Sem automatização: não se integra com a agenda ou sistema de gestão.
Sem relatórios financeiros.
Sem gestão de pagamentos.
Interface pouco prática para volumes elevados.

Software de Faturação Certificado

Para profissionais com prática regular (mais de 10-15 sessões por semana), o software de faturação certificado pela AT oferece vantagens significativas.

Vantagens:

Automatização da emissão de faturas.
Integração com a agenda e sistema de gestão clínica.
Comunicação automática à AT via SAF-T ou webservice.
Gestão do ATCUD e séries de faturação.
Relatórios financeiros detalhados.
Controlo de pagamentos e cobranças.

Obrigatoriedade: Desde 2024, o software de faturação certificado é obrigatório para todos os sujeitos passivos com volume de negócios superior a zero euros, salvo exceções muito limitadas. Na prática, qualquer psicólogo em atividade regular deve utilizar software certificado.

Qual Escolher?

Se faz mais de 5-10 sessões por semana, o software de faturação certificado integrado com a gestão clínica é claramente a melhor opção. Poupa tempo, reduz erros e garante conformidade fiscal.

6. Requisitos Legais: Séries de Faturação e Comunicação à AT

Séries de Faturação

Cada sujeito passivo deve registar as suas séries de faturação junto da AT. Uma série de faturação identifica a sequência numérica dos documentos.

Regras:

Cada tipo de documento (fatura, nota de crédito, recibo) deve ter a sua própria série.
As séries devem ser registadas no Portal das Finanças antes de começar a emitir documentos.
Cada série tem um código de validação atribuído pela AT, utilizado na geração do ATCUD.
A numeração dentro de cada série é sequencial e não pode ter lacunas.

Exemplo de séries para um psicólogo:

FT 2026/ — Série de faturas para 2026.
NC 2026/ — Série de notas de crédito para 2026.
RC 2026/ — Série de recibos para 2026.

Comunicação de Faturas à AT

As faturas devem ser comunicadas à AT por uma das seguintes vias:

Via webservice (tempo real): O software envia cada fatura à AT no momento da emissão. É a forma mais eficiente e recomendada.
Via ficheiro SAF-T: Exportação mensal do ficheiro SAF-T e submissão no Portal das Finanças até ao dia 5 do mês seguinte.
Via inserção manual: Introdução dos dados de cada fatura no Portal das Finanças (apenas para volumes muito reduzidos).

Ficheiro SAF-T

O SAF-T (Standard Audit File for Tax Purposes) é um ficheiro XML normalizado que contém toda a informação de faturação. É obrigatório submetê-lo mensalmente à AT.

Obrigações:

Submissão mensal até ao dia 5 do mês seguinte.
O ficheiro deve conter todas as faturas emitidas no período.
Deve incluir informação sobre anulações e notas de crédito.

7. Como a Mena.ai Automatiza a Faturação para Psicólogos

A Mena.ai oferece uma solução integrada de faturação especificamente desenhada para profissionais de saúde mental em Portugal.

Faturação Certificada pela AT

O módulo de faturação da Mena.ai é certificado pela Autoridade Tributária, cumprindo todos os requisitos legais:

ATCUD automático: O código único de documento é gerado automaticamente em cada fatura.
Séries de faturação: Gestão automática das séries, com registo prévio na AT.
Comunicação à AT: As faturas são comunicadas automaticamente via webservice, em tempo real.
SAF-T: Exportação automática do ficheiro SAF-T mensal.
QR Code: Todas as faturas incluem o QR Code obrigatório com a informação fiscal.

Configuração Simples

A configuração inicial é guiada passo a passo:

Introduza os seus dados fiscais (NIF, morada fiscal, CAE).
Configure a isenção de IVA aplicável (artigo 9.º do CIVA).
Registe as séries de faturação (a Mena.ai pode fazê-lo automaticamente via integração com a AT).
Defina os seus serviços e preços.
Comece a faturar — manual ou automaticamente.

Emissão Automática Após Sessão

A funcionalidade mais poderosa é a faturação automática vinculada à agenda. Quando uma sessão é marcada como realizada, a Mena.ai pode:

Gerar automaticamente a fatura com os dados do paciente.
Aplicar a isenção de IVA correta.
Enviar a fatura por email ao paciente.
Comunicar a fatura à AT em tempo real.

8. Integração com a Agenda: Faturar Automaticamente Após Cada Sessão

A integração entre a agenda clínica e o sistema de faturação é o que distingue uma solução verdadeiramente eficiente.

Fluxo Automatizado

Marcação da consulta: O paciente marca ou é-lhe agendada uma sessão.
Registo de presença: No final da sessão, o psicólogo marca a consulta como realizada.
Emissão automática: A fatura é gerada automaticamente com os dados corretos.
Envio ao paciente: A fatura é enviada por email ou disponibilizada na área do paciente.
Comunicação à AT: A fatura é comunicada automaticamente à Autoridade Tributária.
Registo de pagamento: O pagamento é registado (manual ou automaticamente, conforme o método).

Gestão de Exceções

O sistema também gere situações especiais:

Sessões canceladas: Sem emissão de fatura.
Alteração de preço: Aplicação de tabelas de preços diferenciadas (por exemplo, preço social).
Pacotes de sessões: Faturação do pacote completo ou por sessão individual.
Convenções com seguradoras: Faturação com os dados e formatos exigidos por cada seguradora.

Poupança de Tempo

Um psicólogo que realize 20 sessões por semana e dedique 3 minutos a emitir cada fatura manualmente, gasta mais de 50 horas por ano apenas em faturação. Com a automatização, esse tempo é reduzido a praticamente zero.

9. Relatórios Financeiros e Gestão do IRS

A gestão clínica da Mena.ai inclui relatórios financeiros que ajudam na organização fiscal ao longo do ano.

Relatórios Disponíveis

Resumo mensal de faturação: Total faturado, número de sessões, média por sessão.
Análise por tipo de serviço: Receita por tipo de consulta (individual, casal, grupo, avaliação).
Controlo de pagamentos: Faturas pagas, pendentes e em atraso.
Exportação para contabilista: Ficheiros em formato compatível com os principais softwares de contabilidade.

Preparação do IRS

No início de cada ano, a preparação da declaração de IRS é simplificada:

Rendimento bruto anual: Calculado automaticamente a partir das faturas emitidas.
Despesas profissionais: Se utilizar a Mena.ai como despesa profissional, a fatura é dedutível.
Retenção na fonte: Controlo das retenções efetuadas (quando aplicável — por exemplo, em serviços prestados a empresas).

Regime Simplificado: O Cálculo

Para psicólogos no regime simplificado, o rendimento tributável é calculado assim:

Rendimento bruto anual: Exemplo — 48.000 euros.
Coeficiente: 0,75 (profissões liberais no regime simplificado).
Rendimento tributável: 48.000 x 0,75 = 36.000 euros.
Possibilidade de redução: Se as despesas comprovadas (com fatura e NIF) ultrapassarem 15% do rendimento bruto (7.200 euros neste exemplo), o coeficiente efetivo pode ser reduzido.

Nota: A dedução de despesas no regime simplificado funciona da seguinte forma — se não comprovar pelo menos 15% dos rendimentos em despesas com o seu NIF, a diferença é adicionada ao rendimento tributável. Ou seja, é fundamental guardar todas as faturas das despesas profissionais.

Segurança Social

A contribuição para a Segurança Social dos trabalhadores independentes é calculada sobre 70% do rendimento relevante:

Taxa contributiva: 21,4%.
Base de incidência: 70% do rendimento bruto.
Exemplo: Com 48.000 euros anuais, a base é 33.600 euros, e a contribuição anual é 7.190,40 euros (598,20 euros/mês).

A Mena.ai facilita este cálculo ao fornecer o rendimento bruto anual atualizado em tempo real.

10. Erros Comuns de Faturação e Como Evitá-los

Erro 1: Não Incluir o NIF do Paciente

Todas as faturas devem incluir o NIF do adquirente (paciente). Sem o NIF, o paciente não pode deduzir a despesa no IRS, e a fatura pode não ser aceite pela AT.

Solução: Solicite o NIF na primeira consulta e registe-o no sistema de gestão.

Erro 2: Menção Incorreta da Isenção de IVA

Utilizar a menção errada (por exemplo, referir o artigo 53.º em vez do artigo 9.º) pode causar problemas fiscais.

Solução: A menção correta para atos de psicologia clínica é: "IVA — Isento ao abrigo do artigo 9.º, n.º 1, alínea 1), do CIVA". O artigo 53.º aplica-se ao regime de isenção por volume de negócios reduzido, que é diferente.

Erro 3: Atraso na Comunicação à AT

A comunicação das faturas à AT tem um prazo legal. O incumprimento pode resultar em coimas.

Solução: Utilize software que comunique automaticamente em tempo real, ou assegure-se de que submete o SAF-T até ao dia 5 de cada mês.

Erro 4: Faturar com CAE Incorreto

Se o CAE registado não corresponde à atividade efetivamente exercida, as faturas podem ser classificadas incorretamente na e-Fatura do paciente.

Solução: Verifique o seu CAE no Portal das Finanças. Para psicologia clínica, o CAE correto é 86906.

Erro 5: Não Emitir Nota de Crédito em Caso de Erro

Se emitiu uma fatura com erro, não pode simplesmente anulá-la. Deve emitir uma nota de crédito que anule total ou parcialmente a fatura original.

Solução: Emita sempre uma nota de crédito referenciando a fatura original. Nunca altere ou elimine faturas já comunicadas à AT.

Erro 6: Misturar Atividades Isentas e Não Isentas

Psicólogos que também fazem formação ou consultoria devem separar claramente as atividades isentas das sujeitas a IVA.

Solução: Utilize séries de faturação distintas para atividades clínicas (isentas) e não clínicas (com IVA). Mantenha registos claros e informe o seu contabilista.

Erro 7: Não Guardar Cópias de Segurança

A lei obriga à conservação dos registos de faturação durante 10 anos. Uma falha informática pode significar a perda de dados essenciais.

Solução: Utilize software com armazenamento na nuvem e backups automáticos. A Mena.ai garante a conservação segura de todos os documentos fiscais.

11. Perguntas Frequentes (FAQ)

Sou psicólogo e só faço terapia. Preciso de me registar no IVA?

Se presta exclusivamente atos de psicologia clínica (isentos ao abrigo do artigo 9.º do CIVA), está isento de IVA e não precisa de entregar declarações periódicas de IVA. No entanto, deve estar registado nas Finanças como sujeito passivo e emitir faturas com a menção de isenção.

Posso deduzir as despesas do consultório no meu IRS?

No regime simplificado, não deduz despesas diretamente, mas precisa de comprovar pelo menos 15% do rendimento bruto em despesas com NIF (incluindo despesas pessoais e profissionais) para evitar a penalização no coeficiente. Em contabilidade organizada, todas as despesas profissionais documentadas são dedutíveis.

Quanto tempo tenho para emitir a fatura?

A fatura deve ser emitida no momento da prestação do serviço ou, no máximo, até ao 5.º dia útil do mês seguinte. Na prática, recomenda-se a emissão no próprio dia da sessão.

Os meus pacientes podem deduzir as sessões de psicologia no IRS?

Sim. As consultas de psicologia são consideradas despesas de saúde e são dedutíveis em 15%, com um limite global de 1.000 euros para despesas de saúde. Para isso, a fatura deve conter o NIF do paciente e estar corretamente comunicada na e-Fatura.

Se fizer formação além da prática clínica, como devo faturar?

A formação não está isenta de IVA. Se o seu volume de negócios em atividades sujeitas a IVA ultrapassar 14.500 euros anuais (limiar do artigo 53.º), deve liquidar IVA a 23% nessas faturas. Recomenda-se utilizar séries de faturação distintas e consultar um contabilista para gerir o regime misto.

O que acontece se não comunicar as faturas à AT?

O incumprimento da obrigação de comunicação de faturas é punível com coimas que variam entre 200 e 10.000 euros, nos termos do RGIT. Além disso, os seus pacientes não verão as faturas na e-Fatura, perdendo o benefício fiscal.

Preciso de contabilista certificado?

No regime simplificado, não é obrigatório, mas é altamente recomendado. Em contabilidade organizada (obrigatória acima de 200.000 euros de volume de negócios ou por opção), é obrigatório ter um contabilista certificado inscrito na Ordem dos Contabilistas Certificados.

O que é o ficheiro SAF-T e quando devo submetê-lo?

O SAF-T é um ficheiro XML padronizado que contém toda a informação de faturação. Deve ser submetido mensalmente à AT até ao dia 5 do mês seguinte. O software de faturação certificado exporta este ficheiro automaticamente.

Posso anular uma fatura já emitida?

Não pode simplesmente apagar uma fatura. Deve emitir uma nota de crédito que anule total ou parcialmente a fatura original. A nota de crédito deve referenciar a fatura que está a anular e ser comunicada à AT.

Qual a diferença entre o artigo 9.º e o artigo 53.º do CIVA?

O artigo 9.º isenta de IVA determinadas atividades pela sua natureza (saúde, educação, serviços sociais). A isenção aplica-se independentemente do volume de negócios. O artigo 53.º isenta de IVA sujeitos passivos com volume de negócios inferior a 14.500 euros anuais, independentemente da atividade. Um psicólogo clínico beneficia da isenção do artigo 9.º para os atos clínicos; o artigo 53.º pode ser relevante para outras atividades (formação, consultoria) se o volume dessas atividades for reduzido.

12. Conclusão

A faturação eletrónica em Portugal é uma realidade incontornável para qualquer psicólogo em prática privada. Com o ATCUD obrigatório, a comunicação de faturas à AT e as exigências crescentes da e-Fatura, a conformidade fiscal exige atenção e as ferramentas certas.

Os pontos essenciais a reter:

Utilize software de faturação certificado — é obrigatório e poupa-lhe tempo.
Inclua sempre o ATCUD e o QR Code nas faturas.
Aplique corretamente a isenção de IVA (artigo 9.º do CIVA para atos clínicos).
Comunique as faturas à AT dentro dos prazos legais.
Guarde registos durante 10 anos.
Separe atividades isentas de não isentas se prestar serviços diversificados.

A faturação automatizada da Mena.ai foi desenhada para eliminar a complexidade fiscal da prática clínica. Desde a emissão automática de faturas com ATCUD até à comunicação em tempo real com a AT, cada detalhe foi pensado para que o psicólogo possa focar-se no que realmente importa: os seus pacientes.

A conformidade fiscal não precisa de ser um fardo. Com as ferramentas certas, a faturação torna-se invisível — e o seu tempo fica livre para a prática clínica.